Istotną rolę w ograniczaniu strat przechowalniczych odgrywają środki zapobiegające infekcjom lub hamujące rozwój patogenów. Ze względu na bezpieczeństwo konsumenta oraz aspekty ekologiczne dąży się do wyeliminowania chemicznych środków i zastępuje je preparatami nieszkodliwymi dla człowieka i środowiska. Należy tu zwrócić uwagę, że w Polsce nie jest dozwolone używanie chemicznych środków ochrony roślin po zbiorze. W niektórych krajach można stosować pozbiorczo pewne fungicydy. Są nimi powszechnie traktowane zwłaszcza owoce cytrusowe i warzywa pokryte grubą, usuwalną przed spożyciem skórką, na przykład melony. Zabiegi takie są często elementem linii technologicznej, łączy się je z myciem i woskowaniem produktów. Zamiast fungicydów coraz częściej używa się wodorowęglanu potasu lub wodorowęglanu sodu, a ostatnio również biopreparatów zawierających mikroorganizmy antagonistyczne.

Wodorowęglan potasu (KHCO₃) lub sodu (NaHCO₃) w stężeniu około 2% dodawany jest do wody używanej do mycia warzyw. Związki te działają fungistatycznie (hamują kiełkowanie zarodników grzybów lub rozwój grzybni, ale nie niszczą ich). Czas traktowania nimi, na przykład, papryki słodkiej wynosi około dwóch minut. W niektórych krajach (między innymi w Izraelu) związki te dodawane są do powłok woskowych, którymi pokrywa się skórkę melonów, co znacznie opóźnia gnicie owoców. W Polsce nie są one stosowane.

Mikroorganizmy antagonistyczne wprowadza się ostatnio w preparatach biologicznych, bardziej obojętnych dla środowiska od preparatów chemicznych i nietoksycznych dla konsumentów. W niektórych krajach dopuszczone są do użytku gotowe preparaty, jak na przykład Aspire (zawierający mikroorganizmy z gatunku Candida oleophila), Ecogen, Biosave 111 i Biosave 110. Skuteczność tych biopreparatów jest jednak mniejsza niż fungicydów.

Metodą termiczną można przedłużać trwałość różnych warzyw. Temperatura powietrza, nasyconej pary wodnej lub wody podczas zabiegu nie może być za wysoka, a okres traktowania zbyt długi, z uwagi na niebezpieczeństwo wystąpienia efektów ubocznych — uszkodzenia struktur komórkowych, zwiększenia oddychania, przyspieszenia dojrzewania, itp. Za pomocą metod termicznych uzyskuje się dokładne usunięcie zarodników grzybów i bakterii w środowisku wodnym. W tym celu owoce natryskuje się lub kąpie w gorącej wodzie, często w połączeniu ze szczotkowaniem. Zabieg taki można przeprowadzać u papryki słodkiej i pomidorów. Inną korzyścią tych metod jest zamknięcie aparatów szparkowych i zmniejszenie transpiracji poprzez rozprowadzenie naturalnego nalotu woskowego na całej powierzchni warzyw, na przykład owoców papryki słodkiej, jak również obniżenie wrażliwości warzyw ciepłolubnych na niską temperaturę przechowywania, przez co zmniejsza się ryzyko wystąpienia uszkodzeń chłodowych.

W doświadczeniach stwierdzono, że owoce pomidora zebrane w fazie "zielone-wyrośnięte" można traktować powietrzem o temperaturze 38^oC przez 48 godz. albo wodą o temperaturze 46–48^oC przez 2–3 minuty lub o temperaturze 42–45^oC przez jedna godzinę. Osiąga się przez to zmniejszenie uszkodzeń chłodowych podczas przechowywania w temperaturze 2–5^oC. Następuje zmniejszenie syntezy etylenu, zahamowanie syntezy likopenu i obniżenie aktywności poligalakturonazy (mogącej sprzyjać rozwojowi patogenów). Owoce papryki można w podobnym celu poddać działaniu gorącej wody o temperaturze 53^oC przez 4 minuty. Owoce cukini traktowane po zbiorze temperaturą 40^oC wykazują mniejszą wrażliwość na niską temperaturę przechowywania. Mechanizm reakcji prowadzących do zwiększenia tolerancji tych warzyw wobec niskiej temperatury po traktowaniu termicznym nie jest jeszcze w pełni wyjaśniony. Stwierdzono między innymi, że w wyniku działania wysokiej temperatury tworzą się w komórkach poliaminy (putrescyna, spermidyna i spermina), które wpływają ochronnie na struktury komórkowe.

W Izraelu wysoką temperaturą traktuje się owoce papryki słodkiej po zbiorze, przed długotrwałym transportem (na przykład, na rynek amerykański, co zajmuje około 2 tygodni). Owoce przesuwające się na przenośniku są wstępnie myte przez natryskiwanie zimną wodą, a następnie trafiają do komory, gdzie przez 10–12 sekund natryskiwane są wodą o temperaturze 50–56^oC. Powierzchnia owoców jest podczas mycia ocierana miękkimi szczotkami. Po tym zabiegu papryka jest osuszana strumieniem ciepłego powietrza i pakowana do kartonów. Mycie w ciepłej wodzie połączone ze szczotkowaniem, oprócz usunięcia zanieczyszczeń i częściowej dezynfekcji, powoduje zamknięcie aparatów szparkowych i rozprowadzenie naturalnego nalotu woskowego na powierzchni owoców. Dzięki temu uzyskują ładny wygląd i dobrze znoszą transport.

Myte po zbiorze są warzywa, które nie wykazują wrażliwości na kontakt z wodą, między innymi szparagi, pomidory, papryka, marchew. Temperatura wody powinna być o około 5°C wyższa od temperatury warzyw, aby uniknąć wnikania patogenów przez aparaty szparkowe i otwory w skórce. Po umyciu wszystkie warzywa wymagają osuszenia na przenośniku ociekowym w strumieniu ciepłego powietrza (ok. 40^oC).

Ryzyko porażenia powierzchni warzyw przez patogeny zmniejsza się, kiedy do ich mycia używa się wody chlorowanej. Najczęściej do wody dodaje się podchlorynu wapnia (CaCl₂O₂) lub podchlorynu sodu (NaOCl) w dawce zapewniającej uzyskanie stężenia Cl₂ w wodzie na poziomie 25–200 ppm. Woda powinna mieć odczyn pH 6,8–7,2. W Kalifornii do mycia brokułów, kalafiorów, marchwi, ogórków, sałaty i pieczarek (w formie prysznicu nad przenośnikiem taśmowym) zaleca się stężenie chloru w wodzie 100–150 ppm; grochu cukrowego (w formie prysznicu) — 50–100 ppm; pomidorów (w kąpieli wodnej) — 200–350 ppm, ziemniaków (w kąpieli wodnej — również w celu uzyskania białej barwy bulw) — 500–600 ppm. Pieczarki po umyciu traktuje się dodatkowo antyoksydantem (na przykład kwasem askorbinowym zmieszanym z kwasem cytrynowym), aby zapobiec brunatnieniu. W USA chlorowanie wody dopuszczone jest nawet do mycia warzyw produkowanych ekologicznie (metodą organiczną) z tym, że stężenie Cl2 jest ograniczane do 10 ppm.

Pewną trudność stwarza utrzymywanie stężenia chloru przez cały czas na tym samym poziomie. Ciągłe dodawanie go do wody bez jej wymiany powoduje nagromadzenie się w niej produktów reakcji związków mineralnych i organicznych z chlorem.

Zamiast chlorowania wodę można też ozonować. Ozon (O₃) wykazuje dużą aktywność mikrobiologiczną. Bardzo łatwo wchodzi jednak w reakcje z metalami, gumą, tworzywami sztucznymi. Stężenie ozonu w wodzie do mycia warzyw powinno wynosić 0,5–5 ppm. Pierwiastek ten połowicznie rozpada się w czystej wodzie w 15–20 minut.