Zgodnie z nowym aktem prawnym, za choroby zawodowe uznawane są te ujęte w wykazie, pod warunkiem, że można stwierdzić bezspornie lub z wysokim prawdopodobieństwem, że zostały spowodowane działaniem czynników szkodliwych dla zdrowia występujących w środowisku pracy albo mających związek ze sposobem jej wykonywania. Wykaz w załączniku do rozporządzenia obejmuje 26 chorób lub grup chorobowych (poprzedni obejmował tylko 20 pozycji), dla których podano okres, w jakim wystąpienie udokumentowanych objawów upoważnia do rozpoznania choroby zawodowej pomimo wcześniejszego zakończenia tak zwanego narażenia zawodowego. Mimo iż ustawa o ubezpieczeniu społecznym rolników używa określenia "rolnicza choroba zawodowa" to wprowadzając możliwość stwierdzenia takich chorób u rolników indywidualnych, nie wydzielono schorzeń zawodowych typowych dla tej grupy i nie określono odrębnych zasad postępowania w ich sprawie. Oznacza to konieczność odwoływania się do przepisów wydanych na podstawie kodeksu pracy, który ogólnie nie dotyczy rolników indywidualnych. Zarówno poprzednio, jak i obecnie obowiązujący system orzecznictwa w sprawach chorób zawodowych nie do końca dostosowany jest do objęcia nim rolników indywidualnych i osób pracujących w ich gospodarstwach rolnych w charakterze domowników. Niemniej, również w przypadku tej grupy zawodowej, w procedurze postępowania można wyróżnić 3 etapy:

• zgłoszenie podejrzenia choroby zawodowej;
• rozpoznanie i lekarskie orzeczenie o chorobie zawodowej;
  
• wydanie decyzji o stwierdzeniu (bądź nie) choroby zawodowej.

O rozpoznaniu (lub nie) choroby zawodowej decyduje lekarz zatrudniony w jednej z jednostek orzeczniczych I lub II stopnia.
Jednostki orzecznicze I stopnia:
1. poradnie i oddziały chorób zawodowych wojewódzkich ośrodków medycyny pracy;
2. katedry, poradnie i kliniki chorób zawodowych akademii medycznych;
3. przychodnie i oddziały chorób zakaźnych poziomu wojewódzkiego — w zakresie chorób zawodowych zakaźnych i inwazyjnych;
4. jednostki organizacyjne zakładów opieki zdrowotnej, w których nastąpiła hospitalizacja — w zakresie rozpoznawania chorób zawodowych u osób hospitalizowanych z powodu wystąpienia ostrych objawów choroby.
Jednostki orzecznicze II stopnia:
1. katedry, poradnie i kliniki chorób zakaźnych oraz inwazyjnych akademii medycznych, a w odniesieniu do gruźlicy również jednostki badawczo-rozwojowe prowadzące rozpoznawanie i leczenie tego schorzenia — dla orzeczeń wydanych przez lekarzy zatrudnionych w jednostkach orzeczniczych I stopnia w punkcie 3;
2. przychodnie, oddziały i kliniki chorób zawodowych jednostek badawczo-rozwojowych w dziedzinie medycyny pracy — dla orzeczeń wydanych przez lekarzy zatrudnionych w pozostałych jednostkach I stopnia (punkty 1, 2 i 4).

Orzeczenie lekarskie o rozpoznaniu (lub nie) choroby zawodowej wydaje, na podstawie wyników przeprowadzonych badań lekarskich i pomocniczych, dokumentacji medycznej osoby badanej oraz oceny "narażenia zawodowego", lekarz zatrudniony w jednej z przedstawionych wyżej jednostek orzeczniczych. Jeżeli zakres informacji jest niewystarczający żeby wydać orzeczenie, lekarz może wystąpić o ich uzupełnienie do osoby zainteresowanej (np. o dostarczenie wywiadu zawodowego przeprowadzonego przez lekarza praktykującego indywidualnie, zatrudnionego w zakładzie opieki zdrowotnej albo właściwego państwowego inspektora sanitarnego wydającego skierowanie na badanie w celu rozpoznania choroby zawodowej). Orzeczenie lekarskie otrzymuje właściwy państwowy inspektor sanitarny, rolnik oraz osoba, która zgłosiła podejrzenie choroby zawodowej. Gdy orzeczenie wydała jednostka orzecznicza II stopnia, otrzymuje je również jednostka I stopnia. Jeżeli rolnik nie zgadza się z treścią orzeczenia, może w ciągu 14 dni od jego otrzymania, wystąpić z wnioskiem o przeprowadzenie ponownego badania przez jednostkę orzeczniczą stopnia II. Wniosek powinien wtedy złożyć za pośrednictwem jednostki orzeczniczej I stopnia. Orzeczenie wydane w wyniku ponownego badania jest ostateczne.

Decyzję o stwierdzeniu (lub braku podstaw) choroby zawodowej wydaje właściwy państwowy inspektor sanitarny, który przesyła ją, między innymi, rolnikowi oraz jednostce zatrudniającej lekarza wydającego orzeczenie lekarskie o rozpoznaniu choroby zawodowej. Od decyzji przysługuje odwołanie do właściwego państwowego wojewódzkiego inspektora sanitarnego, a w dalszej kolejności skarga do Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Decyzja o stwierdzeniu choroby zawodowej jest podstawą do ubiegania się przez rolnika (domownika) o świadczenia pieniężne przewidziane z tego tytułu w przepisach ustawy z 20.12.1990 r. o ubezpieczeniu społecznym rolników. Świadczenia te to, między innymi, jednorazowe odszkodowanie z tytułu stałego lub długotrwałego uszczerbku na zdrowiu oraz renta inwalidzka rolnicza. W związku z tym ubezpieczony rolnik (domownik) po otrzymaniu prawomocnej decyzji o uznaniu choroby zawodowej powinien złożyć w jednostce organizacyjnej KRUS, w której jest ubezpieczony wniosek o przyznanie świadczeń pieniężnych z tego tytułu (druki wniosków znajdują się w jednostkach organizacyjnych KRUS: druk KRUS SR-23 — w przypadku jednorazowego odszkodowania lub KRUS SR-20 — w przypadku renty inwalidzkiej rolniczej). Po złożeniu wniosku rozpoczyna się postępowanie orzecznicze w KRUS, w którym lekarz rzeczoznawca lub komisja lekarska (w ewentualnym postępowaniu odwoławczym od orzeczenia lekarza rzeczoznawcy) ustala — w przypadku jednorazowego odszkodowania — stopień procentowy uszczerbku na zdrowiu oraz związek uszczerbku z chorobą zawodową. Dla ustalenia prawa do tego świadczenia ważna jest data powstania choroby zawodowej — powinna ona powstać w okresie podlegania ubezpieczeniu wypadkowemu, chorobowemu i macierzyńskiemu, aby możliwe było nabycie prawa do jednorazowego odszkodowania. W decyzji o stwierdzeniu choroby zawodowej często brakuje jednak daty lub okresu powstania choroby. W takich sytuacjach za datę powstania choroby zawodowej przyjmowana jest data wydania decyzji przez państwowego inspektora sanitarnego. Może być to niekorzystne dla rolnika, gdyż może okazać się, że w tym dniu nie podlegał on ubezpieczeniu wypadkowemu, chorobowemu i macierzyńskiemu, a więc nie nabędzie prawa do jednorazowego odszkodowania w związku z chorobą zawodową. Od decyzji KRUS odmawiającej w takim przypadku prawa do tego świadczenia przysługuje odwołanie do Sądu Okręgowego-Sądu Pracy i Ubezpieczeń Społecznych, który — po zasięgnięciu opinii biegłych sądowych — może zmienić decyzję oddziału regionalnego KRUS. Data powstania choroby zawodowej ma również znaczenie przy ustalaniu uprawnień do renty inwalidzkiej rolniczej w związku z rolniczą chorobą zawodową. Aby uzyskać prawo do tego świadczenia wymagane jest aby — oprócz spełnienia innych warunków — długotrwała niezdolność do pracy w gospodarstwie rolnym w związku z chorobą zawodową, powstała w okresie podlegania ubezpieczeniu emerytalno-rentowemu lub w okresie 18 miesięcy od jego ustania.