Około 0°C. To optymalna temperatura przechowywania dla dużej grupy warzyw — w takiej następuje maksymalne ograniczenie procesów życiowych w warzywach, warunkujące możliwość długiego ich składowania, bez ujemnego wpływu na jakość produktu. Nie należy dopuszczać do spadku temperatury poniżej 0°C, gdyż może to doprowadzić do przemarznięcia, a tym samym obniżenia jakości i trwałości warzyw. Podczas przechowywania marchwi już obniżenie temperatury do –0,5°C może skutkować silnym spękaniem korzeni i następnie ich gniciem. Warzywa cebulowe mogą jednak być przechowywane w temperaturze ujemnej (cebula i czosnek od –2°C do –3°C, por do –1,5°C). Powinna być ona utrzymywana przez cały okres przechowywania, gdyż kilkakrotne zamarzanie i odmarzanie prowadzi do uszkodzenia tkanek. Po zakończeniu przechowania w ujemnej temperaturze cebulę trzeba rozmrozić powoli i stopniowo, gdyż przeniesienie tego warzywa bezpośrednio do temperatury 20°C może powodować uszkodzenia mięsistych łusek.

Wyższa temperatura. Takiej wymagają warzywa ciepłolubne. Do grupy tej należą: pomidor, papryka, ogórek, fasola szparagowa, dynia, cukinia, kawon i melon. Przy składowaniu ich w niskiej temperaturze zachodzą niepożądane procesy fizjologiczne powodujące uszkodzenia chłodowe, których objawami są np. rdzawobrązowe plamy na strąkach fasoli, wodniste plamy i płytkie zagłębienia na owocach ogórka lub brązowienie miąższu i nasion u papryki czy oberżyny.

Decyduje ona o intensywności transpiracji, prowadzącej do więdnięcia warzyw. Innym widocznym efektem nadmiernej utraty wody podczas przechowywania warzyw zielonych jest ich żółknięcie na skutek utraty chlorofilu. Zarówno więdnięcie, jak i żółknięcie przyczyniają się do przyspieszenia procesu starzenia się warzyw i znacznego obniżenia ich jakości. Spośród gatunków należących do warzyw trwałych najniższy poziom wilgotności względnej powietrza (60–75%) zaleca się dla cebuli, czosnku i szalotki, ponieważ suche łuski zewnętrzne zabezpieczają je przed nadmierną utratą wody. Zbyt wysoka wilgotność powoduje natomiast wyrastanie korzeni i ciemnienie łusek okrywających.

Kapusta głowiasta biała i czerwona oraz kapusta włoska wymagają znacznie wyższej wilgotności względnej powietrza — 90–95%. Podobna wartość jest optymalna również dla oberżyny, cukinii i szparagów.

Warzywa korzeniowe, gdy temperatura utrzymywana jest na optymalnym, czyli niskim poziomie (0–1°C), wymagają wysokiej wilgotności względnej powietrza, 95–98%. Gdyby temperatura była wyższa (2–4°C), wysoka wilgotność przyczyniałaby się do zwiększenia stopnia porażenia i gnicia, wówczas korzystniej jest więc obniżyć wilgotność do 90–95%. Należy się jednak wtedy liczyć z większymi ubytkami naturalnymi i silniejszym więdnięciem warzyw.

Zwiększenie poziomu wilgotności powietrza w komorze chłodniczej można uzyskać przez wylewanie wody na betonową podłogę lub do kanałów wentylacyjnych, zainstalowanie nawilżaczy powietrza oraz przez wykładanie skrzynek lub przykrywanie całych ich stosów folią polietylenową.
W czasie instalowania wyposażenia komór chłodniczych należy zwrócić uwagę na to, jaka jest powierzchnia chłodnic powietrza, oraz jaka utrzymuje się różnica między temperaturą powierzchni chłodnicy a temperaturą powietrza w komorze (tzw. delta T). Im większa jest powierzchnia chłodnic i mniejsza wspomniana różnica, tym wyższy poziom względnej wilgotności powietrza można utrzymywać w komorze.

Warzywa można przechowywać w atmosferze o zmienionym, w stosunku do powietrza atmosferycznego, składzie gazowym. Zmodyfikowaną atmosferę (MA) uzyskuje się podczas przechowywania warzyw w opakowaniach o ograniczonej przepuszczalności dla gazów, np. w workach foliowych lub skrzynkach wyłożonych folią, która szczelnie okrywa przechowywane warzywa. Skład gazowy wewnątrz takiego opakowania ustala się samoistnie — na skutek oddychania warzyw wzrasta w opakowaniach zawartość (stężenie) dwutlenku węgla, a obniża się — tlenu. W chłodniach z kontrolowaną atmosferą (CA, KA) za pomocą specjalnych urządzeń wytwarzany jest i utrzymywany określony skład gazowy. Wykorzystanie kontrolowanej atmosfery pozwala na przedłużenie okresu składowania warzyw, co wynika z silniejszego niż w normalnej atmosferze ograniczenia intensywności procesów życiowych. Poszczególne gatunki wymagają ściśle określonego składu gazowego atmosfery, bowiem w różny sposób reagują na jego zmianę. Na pomidory ujemnie wpływa atmosfera zawierająca ponad 5% dwutlenku węgla (następują uszkodzenia fizjologiczne, objawiające się nierównomiernym wybarwianiem po przeniesieniu do normalnej atmosfery i optymalnej temperatury oraz pogorszeniem smaku), dla porów i kukurydzy cukrowej zaleca się natomiast nawet 10–15% CO₂ w atmosferze.

Czyszczenie i odkażanie pomieszczeń oraz opakowań przeznaczonych do przechowywania warzyw wpływa na ograniczenie rozwoju chorób grzybowych w przechowalni. Nawet jeśli rozwijające się grzyby na opakowaniach lub ścianach przechowalni nie powodują bezpośrednio chorób przechowywanych warzyw, to wydzielany przez nie etylen przyspiesza starzenie się produktów i wpływa na pogorszenie ich wartości. Dlatego po zakończeniu każdego okresu przechowalniczego należy oczyścić i odkazić pomieszczenia oraz opakowania. Ściany i podłogi w przechowalniach należy zmyć ciepłą wodą, a następnie zdezynfekować. Najprostszym sposobem dezynfekcji jest wapnowanie sufitu i ścian, bardzo skutecznym — spalanie siarki. W zależności od stopnia skażenia komory, zużywa się 30–90 g siarki na 1 m³ pomieszczenia. Siarkę miesza się z suchymi trocinami, podpala, po czym należy szybko opuścić odkażane pomieszczenie i szczelnie je zamknąć. Po 48 godzinach można przystąpić do jego wietrzenia. Dwutlenek siarki powstały w procesie spalania powoduję silną korozję urządzeń metalowych, dlatego należy je wcześniej zabezpieczyć lub wykorzystać inny sposób dezynfekcji, np. użyć roztworu chlorku wapnia (40 g na dm³ wody) lub 5% roztworu siarczanu miedziowego. Obecnie na rynku znajdują się środki grzybo- i bakteriobójcze przeznaczone do dezynfekcji pomieszczeń przechowalniczych oraz narzędzi i pojemników. W niektórych krajach pomieszczenia przechowalnicze odkaża się poprzez zamgławianie kwasem mlekowym w dawce 14 ml na 1 m³.

Gdy przechowuje się warzywa w kopcach ziemnych, należy corocznie zmieniać miejsce kopcowania, a jeśli jest to niemożliwe, odkażać teren przez wapnowanie zużywając 2 tony tlenku wapniowego na 1 hektar.

Tabela 1. Optymalne warunki przechowywania warzyw trwałych

Tabela 2. Optymalne warunki przechowania warzyw średnio trwałych

Tabela 3. Optymalne warunki przechowania warzyw nietrwałych

Zagrożenia wynikające z nieodpowiedniego składu gazowego atmosfery w przechowalni warzyw

• uszkodzenia fizjologiczne (przebarwienia skórki i miąższu, zagłębienia i plamy na powierzchni, mięknięcie) spowodowane zbyt wysoką zawartością CO₂,
• pogorszenie smaku i zapachu warzyw na skutek procesu zachodzącego oddychania beztlenowego warzyw, spowodowanego zbyt niską koncentracją O₂,
• nieregularne wybarwienie lub zahamowanie dojrzewania owoców, np. pomidorów, melonów.

Korzyści wynikające z przechowania warzyw w KA

• ograniczenie intensywności oddychania warzyw,
• zahamowanie procesu dojrzewania i starzenia się,
• zmniejszenie tempa przemian biochemicznych (degradacja chlorofilu, zmiany w zawartości substancji odżywczych),
• zmniejszenie wrażliwości warzyw na uszkodzenia chłodowe,
• zmniejszenie wrażliwości na działanie etylenu,
• ograniczenie występowania chorób przechowalniczych.